遵义医科大学微生物学教研室源于1947年关东医学院、1949年大连大学医学院和1950年的大连医学院，原名细菌系，上世纪50年代中期改名为微生物学教研室。1976年大连医学院南迁遵义，随即更为现名。1996年分出部分人员成立免疫学教研室；2002年又分出部分人员参与建立微生物学与免疫学实验室。2011年与寄生虫学教研室联合申报“病原生物学”学科被评为校级重点学科，2012年获硕士学位授予点，2015年获遵义市特色病原生物防控及资源开发重点实验室。2016年医学微生物学荣获遵义医学院重点建设课程。2022年病原生物学获批省级一流课程。

教研室的专家学者在微生物学领域成绩斐然，为学科建设打下了坚实的基础。首任教研室主任魏曦教授，成功试制了我国第一代钩端螺旋体菌苗，是我国微生态学和微生态制剂研究的创始人和奠基人。后来的历任主任如陈立予教授、张颖悟教授、孙万邦教授、吴中明教授和刘清蒙教授等，分别在白喉毒素的大规模生产、SPA免疫、流行性出血热早期诊断和治疗的研究、以及JEC细胞株建立、结核病免疫功能调节和免疫治疗等方面的研究中作出了重要贡献。

历任主任